Info Seputar Kesehatan

Sel Kanker Encyclopedia

tujuan pengobatan kanker adalah dengan mencocokkan obat yang tepat untuk tepat sasaran pada pasien yang tepat. Tapi sebelum "pribadi" seperti obat dapat dikembangkan, lebih banyak pengetahuan yang diperlukan tentang perubahan genom tertentu dalam kanker dan kepekaan terhadap agen terapi yang potensial.

Sekarang sebuah kolaborasi akademik-industri merilis hasil pertama dari sumber daya baru dan tersedia bebas yang menikah sangat rinci Data genom kanker dengan prediktor respon obat, informasi yang bisa mengarah pada perbaikan dalam uji klinis kanker dan perawatan masa depan. The Sel Kanker Encyclopedia (CCLE), yang ditulis oleh para ilmuwan di Institut Broad dari Harvard dan MIT, Harvard yang berafiliasi Dana-Farber Cancer Institute, Institut Genomics dari Yayasan Novartis, dan Institut Novartis untuk Biomedical Research, dijelaskan dalam edisi 29 Maret jurnal Nature. Dalam bukti prinsip, para peneliti juga melaporkan bahwa prediktor genom kepekaan obat mengungkapkan tiga calon baru biomarker respon.

"Kami berharap bahwa Sel Kanker Encyclopedia akan menjadi sumber daya praklinis yang dapat membimbing uji klinis," kata Levi A. Garraway, anggota asosiasi senior dari Institut Broad, seorang profesor di Harvard Medical School dan Dana-Farber Cancer Institute, dan co-penulis yang sesuai kertas.

"CCLE adalah sumber daya publik yang kami pikir akan mengkatalisis penemuan seluruh komunitas riset kanker," kata Todd Golub, direktur Program Kanker Broad, Charles A. Dana Penyidik ​​dalam Genetika Kanker Manusia di Dana-Farber Cancer Institute, dan co-penulis kertas. "Dengan upaya awal ini, kami telah mengambil beberapa langkah penting pertama. Tantangannya sekarang adalah untuk memperluas jumlah senyawa yang diuji di panel garis sel. "

CCLE ini mengintegrasikan ekspresi gen, jumlah salinan kromosom, dan massively parallel sekuensing data dari hampir 1.000 baris sel kanker manusia bersama-sama dengan profil farmakologi untuk 24 obat antikanker di sekitar setengah dari baris sel. Skala proyek memungkinkan lebih mendalam karakterisasi genetik dan penjelasan farmakologis dari sebelumnya dengan garis sel sedikit. Sebuah upaya yang terpisah oleh para ilmuwan di Harvard yang berafiliasi Massachusetts General Hospital dan Institut Sanger muncul dalam edisi yang sama Alam.

Untuk mencapai prestasi tersebut, tim ilmuwan mengandalkan genetika, biologi komputasi, dan kemampuan obat-screening di Broad, Dana-Farber, dan Novartis. Mereka memilih 947 dari jalur sel kanker tersedia secara komersial hampir 1.200 untuk mencerminkan keragaman genom kanker pada manusia.

"Salah satu kekuatan dari CCLE terletak pada jumlah baris sel itu survei," kata Nicolas Stransky, seorang ahli biologi komputasi di Program Kanker di Broad dan co-penulis pertama kertas. "Kita bisa fokus pada subtipe kanker langka dan masih memiliki kekuatan statistik yang cukup untuk analisis."

Baris sel kanker adalah sel ganas yang telah dihapus dari jaringan tumor dan dibudidayakan di laboratorium. Di bawah kondisi yang terkendali, mereka dapat tumbuh tanpa batas. Ini di dekat-keabadian adalah keuntungan untuk melakukan eksperimen berulang, tetapi dapat menjadi perangkap potensial jika sel-sel sangat berbeda dari tumor karena mereka tidak memiliki lingkungan yang khas. Namun, dengan relatif sedikit pengecualian, garis sel CCLE terbukti menjadi proxy genetik representatif untuk subset tumor primer di beberapa jenis kanker yang berbeda.

Menghubungkan lebih dari 50.000 fitur genetik dan molekuler yang muncul dari garis-garis sel menciptakan tantangan komputasi yang para ilmuwan bertemu dengan mengadaptasi algoritma untuk data biologis. Mereka menguji alat ini terhadap perubahan genetik yang dikenal untuk memprediksi kepekaan terhadap obat kanker, dan mengukuhkan nilai pendekatan sistematis mereka. Kemudian mereka menerapkan metodologi pemodelan prediktif untuk subtipe genetik kanker diketahui menimbulkan tantangan bagi modalitas pengobatan saat ini.

Berbekal jenis pengetahuan dari CCLE ini, peneliti mungkin memiliki gagasan yang lebih jelas dari mana tumor yang paling mungkin untuk merespon obat tertentu sebelum menggunakan mereka dalam uji klinis, para ilmuwan mengatakan. Pasien demikian dapat dipilih untuk studi tersebut didasarkan pada seberapa besar kemungkinan mereka untuk merespon, mengingat genetik dan molekuler kanker mereka.

"Kita bisa mengajukan pertanyaan bukan hanya tentang muncul terapi bertarget, tetapi juga tentang obat kemoterapi standar," kata Garraway. "Mungkin ada cara untuk mengidentifikasi pasien yang lebih mungkin untuk merespon kemoterapi konvensional dibandingkan dengan mereka yang tidak mungkin. Diprediksi 'non-penanggap' mungkin akan lebih baik mencoba rejimen yang berbeda. "

Ada volume lagi yang bisa ditulis dalam ensiklopedia ini.

"Dari perspektif biologi komputasi, itu bersih, kompleks set data yang memungkinkan lebih banyak analisis," kata Stransky. "Kami hanya menggaruk permukaan apa yang bisa dilakukan."

The Sel Kanker proyek Jalur Ensiklopedia diaktifkan oleh hibah dari Institut Novartis untuk Biomedical Research. Dukungan dana tambahan diberikan oleh National Cancer Institute, Starr Kanker Konsorsium, dan Innovator Award Baru Direktur NIH.